Schronienia wybierane przez nietoperze mogą być bardzo zróżnicowane i odmiennie użytkowane w różnych okresach roku. Są schronienia letnie, z których nietoperze korzystają zwłaszcza w dzień (ale także w nocy, aby odpocząć podczas intensywnych polowań na owady!) oraz schronienia zimowe, wykorzystywane w zimnych porach roku, kiedy zapadają w stan hibernacji.
Jeśli chcielibyśmy sklasyfikować nietoperze według rodzaju schronienia najczęściej używanego w ciągu roku, moglibyśmy podzielić je na: fitofilne (korzystające z drzew), antropofilne (korzystające z budynków), troglofilne (korzystające z jaskiń i jam). Jak to zazwyczaj bywa, w przyrodzie nie ma sztywnych reguł, więc istnieje wiele gatunków, które w ciągu roku korzystają z różnego typu schronień.
Gatunki fitofilne
Schronienie znajdują w starych drzewach bogatych w pęknięcia i ubytki: wystarczy kilkucentymetrowa podniesiona kora, aby zapewnić im ciepłe schronienie! Nietoperze te potrzebują więc lasu z wieloma starymi drzewami, pełnymi ubytków i pęknięć, które niestety coraz trudniej znaleźć. Ponadto las ze starymi drzewami będzie również środowiskiem bogatym w bioróżnorodność, które zapewni nietoperzom mnóstwo owadów.
Gatunki troglofilne
Znajdują schronienie w jaskiniach i jamach, zarówno naturalnych, jak i sztucznych (np. tunele!). Niektóre jaskinie są używane latem, a inne zimą, a inne, duże i niejednorodne, mogą być odpowiednie przez cały rok. W jaskiniach i jamach nietoperze mogą znaleźć schronienie w szczelinach lub po prostu zwisać z ich sufitu.
Gatunki antropofilne
Gatunki te (z greckiego anthropos -człowiek- i philos -powinowactwo-) są przyzwyczajone do człowieka i znajdują schronienie w naszych domach: piwnicach, poddaszach, dachach, szczelinach między dachówkami, rynnach, okiennicach, belkach, pęknięciach kamieni i cegieł, tynku; innymi słowy wszystkie dostępne rozwiązania związane z naszymi domami są idealne, o ile zapewniają ciszę i spokój.
Często nasze nowoczesne domy nie są w stanie zapewnić ochrony gatunkom nietoperzy związanych z budynkami. Wtedy dobrym substytutem są budki dla nietoperzy. To sztuczne schronienia zbudowane z różnych materiałów (drewno, cement, trociny), zapewnianiające odpowiedni dom naszym zaprzyjaźnionym nietoperzom, jeśli nasze domostwo pozbawione jest pęknięć, ubytków i innych małych dziur.
